CRP binding site預測與分析

 

CRP(cAMP受體蛋白)為細菌中主要藉由與DNA特定序列結合來調控180種以上基因表現的重要轉錄因子,扮演促進或抑制的雙調控因子。CRP與DNA每種結合位子所調控基因皆不同,因此研究CRP在DNA上結合區域與結合規則對於基因表現的研究有其重要性。本研究提出一預測系統-IdCRP,以CRP結合位資訊預測CRP對於下游基因的調控模式(促進或抑制)並建立可解釋之判斷調控模式的轉錄規則。

本系統主要由5個部份組成,(1)蒐集CRP結合位序列資訊及轉錄模式;(2)擷取序列與轉錄相關資訊;(3)特徵值選取;(4)建立可解釋之轉錄調控規則;(5)CRP調控模型的建立。並預期將調控模式的預測結果應用於重建基因調控網路,抑或將轉錄規則應用於合成生物學中以幫助控制CRP相關之基因表達。

Chinese, Traditional